Because they really do! Yankees just got their home base stolen by Toronto Blue Jays yesterday, impressive!
Currently Yankees at the last spot in AL standing are 14.5 games behind the Boston Red "HOT" Sox, the No.1 team in MLB. That means Yankees have to win 29 games in a row to catch up the Red Sox with a 50% winning rate (which is >70% right now).
So, let's say it loudly and proudly -
Yankees SUCK!!!
or Yankees BYE ???
Wednesday, May 30, 2007
Just Usual Words in Kitchen
Since our department claims we are doing the "Systems Biology", not surprising there are many non-biology people hanging with us for cross-discipline sparks. I found it is really interesting talking to those theory guys; sometimes they are just like coming from another planet.
Here is a classic example just happened minutes ago in our kitchen.
An engineering-background postdoc said he felt a little bit frustrtaed because cell biology experiments is hard.
A graduate student in Applied Mathematics was there too; asked "what's wrong?"
The engineering postdoc joked: "I want to do experimental work because theory is only for smart people just like you guys."
The mathmetics student said: "It's okay. If you do more thinking everyday, you will have your chance."
All other people "........................."
Here is a classic example just happened minutes ago in our kitchen.
An engineering-background postdoc said he felt a little bit frustrtaed because cell biology experiments is hard.
A graduate student in Applied Mathematics was there too; asked "what's wrong?"
The engineering postdoc joked: "I want to do experimental work because theory is only for smart people just like you guys."
The mathmetics student said: "It's okay. If you do more thinking everyday, you will have your chance."
All other people "........................."
Tuesday, May 29, 2007
教授為什麼沒告訴我
前幾天終於把那本口頭演講的書看完了，覺得不痛不癢，說起來書裡寫的就是你都知道但不見得一時間都能想得到的那些該注意的事。書是之前人還在台北遇到出版社大拍賣，十五本三百塊，完全沒看過內容就在網站上靠感覺勾選買的。現在擁有一大堆那個系列的書，大部分都留在台灣，其中有的書很不錯，有的就不怎麼樣。一本二十元，買到好書就算賺到。
既然書已經看完了，便連到旁邊 aNobii Book Shelf 把書給下架，結果無意看到一本書的介紹，畢恆達寫得實在真切。
教授為什麼沒告訴我- 論文寫作枕邊書
「撰寫博士論文的時候，家裡的馬桶刷得特別乾淨。原來每天坐在電腦前面，卻經常連一個字也寫不出來，於是就猛刷馬桶、擦地板。心中即使煩躁，卻也不敢外出看電影、逛街，這樣會有罪惡感，只好做些像是刷馬桶這種具有正當性的工作，其實是在逃避，只要找到能夠不要寫論文的理由就好。而我的其他也正在寫論文的同學，則有的打毛線、有的畫畫、有的學打坐，似乎論文遇到瓶頸，每個人就會自然發展出第二專長。」
好像真的是這樣啊！前不久一位朋友跟我說她寫 paper 時會跑去看新聞網站，一遍又一遍。剛剛 James 也跑過來跟我抱怨他完全沒辦法開始動筆寫 paper，只好在實驗室裡晃來晃去，想找些事情做。我們系上的 Becky 曾經是 Nature editor，她和另外一位 Science editor 合寫過一篇文章 TIPS FOR WRITING A SCIENTIFIC MANUSCRIPT，文章裡面就戲稱這種情形叫做 terrified-rabbit syndrome。
不過話說回來，現在生活慢慢回到軌道上，手上也開始做實驗了，事實上我還蠻開心這樣的變化，至少不用整天覺得自己沒甚麼進展無所事事心裡忐忑不安惶惶不可終日。
所以，最後，有沒有我認識的人剛好手上有這本書的啊？借我看看吧，這樣如果以後真不幸做了教授，才不會被學生背後幹攪說為甚麼我都不跟他說這些事啊！
既然書已經看完了，便連到旁邊 aNobii Book Shelf 把書給下架，結果無意看到一本書的介紹，畢恆達寫得實在真切。
教授為什麼沒告訴我- 論文寫作枕邊書
「撰寫博士論文的時候，家裡的馬桶刷得特別乾淨。原來每天坐在電腦前面，卻經常連一個字也寫不出來，於是就猛刷馬桶、擦地板。心中即使煩躁，卻也不敢外出看電影、逛街，這樣會有罪惡感，只好做些像是刷馬桶這種具有正當性的工作，其實是在逃避，只要找到能夠不要寫論文的理由就好。而我的其他也正在寫論文的同學，則有的打毛線、有的畫畫、有的學打坐，似乎論文遇到瓶頸，每個人就會自然發展出第二專長。」
好像真的是這樣啊！前不久一位朋友跟我說她寫 paper 時會跑去看新聞網站，一遍又一遍。剛剛 James 也跑過來跟我抱怨他完全沒辦法開始動筆寫 paper，只好在實驗室裡晃來晃去，想找些事情做。我們系上的 Becky 曾經是 Nature editor，她和另外一位 Science editor 合寫過一篇文章 TIPS FOR WRITING A SCIENTIFIC MANUSCRIPT，文章裡面就戲稱這種情形叫做 terrified-rabbit syndrome。
不過話說回來，現在生活慢慢回到軌道上，手上也開始做實驗了，事實上我還蠻開心這樣的變化，至少不用整天覺得自己沒甚麼進展無所事事心裡忐忑不安惶惶不可終日。
所以，最後，有沒有我認識的人剛好手上有這本書的啊？借我看看吧，這樣如果以後真不幸做了教授，才不會被學生背後幹攪說為甚麼我都不跟他說這些事啊！
Saturday, May 26, 2007
凡凡下樓梯
可能是等不及要出去玩，還在台灣的那一陣子凡凡就很愛下樓梯。設計學院這兒的樓梯比較緩，只有兩階，拿來讓凡凡練習十分合適。
不過 playgroup 的義工還是建議父母要教小朋友倒著下樓梯，比較安全。
不過 playgroup 的義工還是建議父母要教小朋友倒著下樓梯，比較安全。
Walk the Dog
最近學校裡的草皮終於長好了，自然有機會就帶著凡凡到草地上玩耍。因為這幾天 Yard 裡太多人，離家最近的設計學院旁的草地倒是很好的選擇。從台灣帶了不少凡凡的玩具過來，這隻會跑會叫的小狗是其中之一。凡凡很喜歡跟牠玩，三不五時便會提著小狗來要大人幫他把開關打開。
凡凡知道這隻小狗自己會跑，當小狗跑太遠的時候，會知道用手上的繩子把小狗拉回來。凡凡也很喜歡「溜」這隻小狗，雖然小狗自己會跑，但似乎還是跟不上凡凡的速度，最後往往是被拖著在後面甩來甩去。
凡凡知道這隻小狗自己會跑，當小狗跑太遠的時候，會知道用手上的繩子把小狗拉回來。凡凡也很喜歡「溜」這隻小狗，雖然小狗自己會跑，但似乎還是跟不上凡凡的速度，最後往往是被拖著在後面甩來甩去。
噴泉
前文提過位在 Cabot Library 前的噴泉。
這幾天天氣特別熱，經過 Science Center 的時候便帶凡凡去噴泉旁邊看看他會有甚麼反應。一開始凡凡有點害怕，只敢站在較外圍的地方摸摸噴到地上的水花，最後想往裡面走還記得回頭拉人跟他一起去。
沒想到過了一陣子後眼看沒甚麼危險，膽子也就大了，越玩越有興趣要往噴泉裡面走去，水花一直濺到身上也不怕。放眼看看旁邊其他小朋友可都是穿泳衣來玩水的，這次沒有準備凡凡的衣服，為了不要淋的一身濕透回家，只好暫時打住要凡凡別再往裡面走了。凡凡還唉了幾聲抗議一下。
這幾天天氣特別熱，經過 Science Center 的時候便帶凡凡去噴泉旁邊看看他會有甚麼反應。一開始凡凡有點害怕，只敢站在較外圍的地方摸摸噴到地上的水花，最後想往裡面走還記得回頭拉人跟他一起去。
沒想到過了一陣子後眼看沒甚麼危險，膽子也就大了，越玩越有興趣要往噴泉裡面走去，水花一直濺到身上也不怕。放眼看看旁邊其他小朋友可都是穿泳衣來玩水的，這次沒有準備凡凡的衣服，為了不要淋的一身濕透回家，只好暫時打住要凡凡別再往裡面走了。凡凡還唉了幾聲抗議一下。
逛校園
我們學校是強制大學部一年級學生一定得住校的，觀光勝地的 old yard 四週圍的美麗房舍便是他們的宿舍。現在學期結束，這些新鮮人不再新鮮，按規定得搬出 yard houses，所以這幾天 yard 裡頭人特別多，許多父母也全家出動幫忙搬家。
今天禮拜六，帶凡凡去 COOP 聽故事，聽完後回程經過 yard 去爬 Widener 的樓梯。凡凡心情很好的樣子，見到人還不時會主動地跟人揮手打招呼，也逗著一對老夫妻十分開心，跟凡凡的爸爸講「將來凡凡說不定可以變成這間學校的學生喔！」
凡凡現在可以爬很高的樓梯了，也會下樓梯，不過因為 Widener 門口的樓梯比較高也比較陡，所以一直還是牽著凡凡的手陪走。等到下了樓梯回到平地，大概凡凡的玩興已經起來了，便開始東晃西晃地逛起校園來了。影片中間還有一段可以看到凡凡現在如果想去哪裡，便會走在前面拖著大人的手要別人跟他一起走。
凡凡腳上穿的是在台灣買的皮鞋。算算他走的距離和時間，是真的蠻厲害的；特別是他還剛爬過 Widener 的樓梯。
從影片中也可以看出，雖然我們學校是全世界第二有錢的私人機構，僅輸給梵諦岡，校園裡的路也是有點小爛。
今天禮拜六，帶凡凡去 COOP 聽故事，聽完後回程經過 yard 去爬 Widener 的樓梯。凡凡心情很好的樣子，見到人還不時會主動地跟人揮手打招呼，也逗著一對老夫妻十分開心，跟凡凡的爸爸講「將來凡凡說不定可以變成這間學校的學生喔！」
凡凡現在可以爬很高的樓梯了，也會下樓梯，不過因為 Widener 門口的樓梯比較高也比較陡，所以一直還是牽著凡凡的手陪走。等到下了樓梯回到平地，大概凡凡的玩興已經起來了，便開始東晃西晃地逛起校園來了。影片中間還有一段可以看到凡凡現在如果想去哪裡，便會走在前面拖著大人的手要別人跟他一起走。
凡凡腳上穿的是在台灣買的皮鞋。算算他走的距離和時間，是真的蠻厲害的；特別是他還剛爬過 Widener 的樓梯。
從影片中也可以看出，雖然我們學校是全世界第二有錢的私人機構，僅輸給梵諦岡，校園裡的路也是有點小爛。
Friday, May 25, 2007
玩水
凡凡長得比較大隻，在回台灣之前就沒辦法用嬰兒澡盆了，所以就跟爸爸媽媽一樣用浴缸來洗澡。最近又長大了一些，也比較不怕吃到水，曉得自己坐下來頭還是可以離水面高高的，也就放心大膽地玩起水來了。
影片裡的那個透明塑膠罐子是凡凡最喜歡的玩具，一方面體積大小適中凡凡的手可以握住，另外也可以讓他裝水沖水喝水，簡直是集各種有趣功能在一身的多用途優良嬰兒玩具嘛！
不過說穿了，它只是凡凡爸爸實驗室裡「ㄎㄧㄤ」來的透明培養基瓶子而已(跟著 250ml medium filter 一起來的那種，有經驗的就知道我在說甚麼)。
影片裡的那個透明塑膠罐子是凡凡最喜歡的玩具，一方面體積大小適中凡凡的手可以握住，另外也可以讓他裝水沖水喝水，簡直是集各種有趣功能在一身的多用途優良嬰兒玩具嘛！
不過說穿了，它只是凡凡爸爸實驗室裡「ㄎㄧㄤ」來的透明培養基瓶子而已(跟著 250ml medium filter 一起來的那種，有經驗的就知道我在說甚麼)。
What Makes a Genetic Network a Clock?
好一陣子沒有寫 theory lunch 了，看在免費午餐和 soda 的份上，今天中午跑去聽了 theory lunch，這一次是這學期的最後一場，得等到九月還是十月才能再有免費午餐吃。
Jeremy 開場介紹的時候說今天的講者 Dan Forger 是很少見的 experimental mathematics Doctor。 Dan 是我們學校大學部的畢業生，還有碩士，申請上 NYU 的數學博士後又拿了筆獎學金回到我們學校的醫學院做研究，所以幾乎所有的學生生涯都在這裡度過，最後也只是回 NYU 領文憑而已。大概是拍馬屁，Dan 最後加了一句說他覺得非常幸運，因為這種事情只可能在我們學校發生。
Dan 說他很早就對生理時鐘很感興趣，在醫學院主要的研究就是希望用數學結合臨床上的一些發現與數據，導出可行的 model 來解釋生理時鐘是怎麼一回事。Dan 現在是 UM 數學系的助理教授，一直到現在都還是專研在這個題目上。
簡單說，生理時鐘就是一個 osccilation，而日照或其它生理因素則是變因調控這個 oscillation 使它能因應變化且仍然穩定。這其實是個很大且很老的題目，從最抽象的數學上的 network study 到最基層的 neuron molecular mechanism 都有人在研究，但整場 talk 聽下來似乎還有很長的一段路要走。這並是不說這場 talk 講得不好，事實上 Dan 整場表達技巧非常出色，從神經元調控的基本架構開始，一直談到幾個比較成功的 mathematic models，內容很豐富。不過大概是太 comfortable 了，中間還出現了打哈欠的情況，不，我不是說聽眾裡面有人聽到打哈欠，我指的是給 talk 的人講著講著就打了個大哈欠後再繼續講這種怪事，我還是第一次看到。不然就是講到一半跑去旁邊抓幾塊餅干在手上回來邊吃邊講，很有趣。
其實只要講到 modeling，總是會繞回到幾個最根本的問題。assumption 要怎麼下？要嚴格到甚麼程度才不會讓 model 太 unrealistic？以及每次必有的經典 FAQ，簡化整個機制的那條線到底要劃在哪裡？
我自己的感覺是生理時鐘這個題目實在是太大了，雖然因為很明顯以及很有趣，久久以前便吸引了很多人投入；不過以現在的眼光來看這應該不能算是一個好的 modeling 題目。生理時鐘這樣的機制說不定是上千條不同的 signaling pathways 同時運作加總的結果，這使得這題目在簡化上非常容易失真，不簡化太多的話又沒辦法 handle 這麼龐大的架構，幾乎不可能成功地用現有的資料架構出一個貼近真實情況的 model 來。
目前看到幾個比較好的作法應該是專注在某個細胞內的機制上，像我們 lab 裡 Kendra 試圖用 model 解釋 meiotic spindle 怎麼形成 bipolar structure，或者隔壁鄰居 Galit 專注在研究 p53 的 regulation network 上。
題外話，今天校內的報紙寫說醫學院的新 dean 快要定案了。大概 Larry Summers 上次亂說話造成的傷害實在太大，繼女校長之後，我們的新 dean 看來也是個女生，Elizabeth G. Nabel，這可是個十分 powerful 的位子，可以管的 affilated hospitals 就有 18 間，下轄的 faculties 超過 11,000 人，只算來自於美國政府的經費去年加總便超過 1 billion dollors，；大概比整個台大或中研院都要來的大吧！
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What makes a genetic network a clock?
25 May 2007
Daniel Forger
Department of Mathematics
University of Michigan
Abstract
Biological clocks time many events in nature including sleep patterns, developmental events, and hormone release. Recent experimental work has shown that these clocks consist of feedback networks of interacting genes and proteins within cells. By analyzing mathematical models (ordinary differential equations), we derive strict requirements for when oscillations emerge in genetic feedback networks. We show how a bistable clock can be built, where external signals can start or stop rhythmicity, and discuss recent experimental work to build synthetic clocks. Amazingly, the period of these clocks depends only on how quickly molecules are removed, and whether rhythms are close to sinusoidal. From this general theory, more accurate mammalian models of circadian (~24-hour) rhythms will be considered, and we will explain why a family in Utah always wakes up early.
Jeremy 開場介紹的時候說今天的講者 Dan Forger 是很少見的 experimental mathematics Doctor。 Dan 是我們學校大學部的畢業生，還有碩士，申請上 NYU 的數學博士後又拿了筆獎學金回到我們學校的醫學院做研究，所以幾乎所有的學生生涯都在這裡度過，最後也只是回 NYU 領文憑而已。大概是拍馬屁，Dan 最後加了一句說他覺得非常幸運，因為這種事情只可能在我們學校發生。
Dan 說他很早就對生理時鐘很感興趣，在醫學院主要的研究就是希望用數學結合臨床上的一些發現與數據，導出可行的 model 來解釋生理時鐘是怎麼一回事。Dan 現在是 UM 數學系的助理教授，一直到現在都還是專研在這個題目上。
簡單說，生理時鐘就是一個 osccilation，而日照或其它生理因素則是變因調控這個 oscillation 使它能因應變化且仍然穩定。這其實是個很大且很老的題目，從最抽象的數學上的 network study 到最基層的 neuron molecular mechanism 都有人在研究，但整場 talk 聽下來似乎還有很長的一段路要走。這並是不說這場 talk 講得不好，事實上 Dan 整場表達技巧非常出色，從神經元調控的基本架構開始，一直談到幾個比較成功的 mathematic models，內容很豐富。不過大概是太 comfortable 了，中間還出現了打哈欠的情況，不，我不是說聽眾裡面有人聽到打哈欠，我指的是給 talk 的人講著講著就打了個大哈欠後再繼續講這種怪事，我還是第一次看到。不然就是講到一半跑去旁邊抓幾塊餅干在手上回來邊吃邊講，很有趣。
其實只要講到 modeling，總是會繞回到幾個最根本的問題。assumption 要怎麼下？要嚴格到甚麼程度才不會讓 model 太 unrealistic？以及每次必有的經典 FAQ，簡化整個機制的那條線到底要劃在哪裡？
我自己的感覺是生理時鐘這個題目實在是太大了，雖然因為很明顯以及很有趣，久久以前便吸引了很多人投入；不過以現在的眼光來看這應該不能算是一個好的 modeling 題目。生理時鐘這樣的機制說不定是上千條不同的 signaling pathways 同時運作加總的結果，這使得這題目在簡化上非常容易失真，不簡化太多的話又沒辦法 handle 這麼龐大的架構，幾乎不可能成功地用現有的資料架構出一個貼近真實情況的 model 來。
目前看到幾個比較好的作法應該是專注在某個細胞內的機制上，像我們 lab 裡 Kendra 試圖用 model 解釋 meiotic spindle 怎麼形成 bipolar structure，或者隔壁鄰居 Galit 專注在研究 p53 的 regulation network 上。
題外話，今天校內的報紙寫說醫學院的新 dean 快要定案了。大概 Larry Summers 上次亂說話造成的傷害實在太大，繼女校長之後，我們的新 dean 看來也是個女生，Elizabeth G. Nabel，這可是個十分 powerful 的位子，可以管的 affilated hospitals 就有 18 間，下轄的 faculties 超過 11,000 人，只算來自於美國政府的經費去年加總便超過 1 billion dollors，；大概比整個台大或中研院都要來的大吧！
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What makes a genetic network a clock?
25 May 2007
Daniel Forger
Department of Mathematics
University of Michigan
Abstract
Biological clocks time many events in nature including sleep patterns, developmental events, and hormone release. Recent experimental work has shown that these clocks consist of feedback networks of interacting genes and proteins within cells. By analyzing mathematical models (ordinary differential equations), we derive strict requirements for when oscillations emerge in genetic feedback networks. We show how a bistable clock can be built, where external signals can start or stop rhythmicity, and discuss recent experimental work to build synthetic clocks. Amazingly, the period of these clocks depends only on how quickly molecules are removed, and whether rhythms are close to sinusoidal. From this general theory, more accurate mammalian models of circadian (~24-hour) rhythms will be considered, and we will explain why a family in Utah always wakes up early.
Thursday, May 24, 2007
Baby Einstein
這一張是凡凡護照上的照片，兩個月大的時候照的，很可愛。每次看到這張照片都會讓我想到愛因斯坦那張著名的吐舌頭相片。
Baby Einstein ↓
Old Guy Einstein ↓
Baby Einstein ↓
Old Guy Einstein ↓
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